ในปีพ.ศ.2516ได้เกิดอุทกภัยอย่างกว้างขวางในพื้นที่ของภาคใต้ได้สร้างความเสียหายแก่ไร่นา พืชผลและทรัพย์สินต่างๆ ของราษฎรในจังหวัดนราธิวาสเป็นอันมากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงทราบถึงความเดือดร้อนของพสกนิกรดังกล่าว ทรงโปรดให้กรมชลประทานขุดคลองระบายน้ำออกสู่ทะเล   ซึ่งตั้งแต่ปีพ.ศ.2518
เป็นต้นมา   ปรากฏว่าไม่ได้เกิดอุทกภัยขึ้นอีกเลยและทรงโปรดให้กรมส่งเสริมสหกรณ์ดำเนินการจัดที่ดิน
ให้ราษฎรที่ไม่มีที่ดินทำกิน หรือไม่พอกินในรูปของสหกรณ์นิคม  แต่ที่ดินดังกล่าวประสบปัญหาที่ดินเหล่า
นี้มีอินทรียวัตถุสูงความอุดมสมบูรณ์ต่ำเมื่อระบายน้ำออกแล้วดินจะยุบตัวมากและเมื่อแห้งแล้วจะติดไฟได้ง่าย
                    กรมพัฒนาที่ดิน  จึงจัดตั้งสาขางานปรับปรุงดินพรุและศูนย์พัฒนาที่ดินพรุเพื่อให้สอดคล้องกับงานของ
กรมชลประทานและกรมส่งเสริมสหกรณ์  ในปีพ.ศ.2527  กรมพัฒนาที่ดินได้ปรับปรุงโครงสร้างใหม่เพื่อให้งาน
กรมพัฒนาที่ดิน มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น จึงได้เปลี่ยนชื่อศูนย์พัฒนาที่ดินนราธิวาส เป็น
สถานีพัฒนาที่ดินนราธิวาส สังกัดสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต12 กรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ ์