ในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 5 มีเป้าหมายมุ่งเน้นในการพัฒนาชนบท ในพื้นที่ยากจน จังหวัดสตูลเป็นจังหวัดหนึ่งที่ประชากรประกอบอาชีพเกษตรกรรม 50.92 %ของประชากรทั้งจังหวัด แต่ผลผลิตต่ำไม่เพียงพอในการดำรงชีพ ทั้งนี้เนื่องจากขาดความอุดมสมบูรณ์ การสูญเสียหน้าดินจากการชะล้างพังทลาย และการใช้ดินผิดประเภท ศูนย์พัฒนาที่ดินจังหวัดยะลา ซึ่งได้รับมอบหมายจากกรมพัฒนาที่ดิน ให้รับผิดชอบงานพัฒนาที่ดิน ในเขตภาคใต้ตอนล่าง ได้ส่งหน่วยพัฒนาที่ดิน เพื่อปฏิบัติงานกรมพัฒนาที่ดิน โดยเน้นโครงการเร่งรัดการปรับปรุงบำรุงดินด้วยอินทรีย์วัตถุในจังหวัดสตูล ในปี พ.ศ.2525 เป็นปีแรก ในปีต่อมางานพัฒนาที่ดิน ได้ขยายกว้างขวางขึ้นจนถึงปี พ.ศ.2527 สถานีพัฒนาที่ดินสตูล ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน พ.ศ.2527 สังกัด สำนักงานพัฒนาที่ดิน เขต 12 จังหวัดสงขลา
สถานีพัฒนาที่ดินสตูล ตั้งขึ้นในที่ดินของกรมประชาสงเคราะห์ หมู่ที่ 7 ตำบลควนกาหลง อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล ซึ่งกระทรวงมหาดไทยได้อนุญาตให้กรมพัฒนาที่ดิน ใช้เป็นที่ก่อสร้างสถานีพัฒนาที่ดิน เนื้อที่ 109-1-64 ไร่ โดยมี ที่ตั้งสถานีพัฒนาที่ดินสตูล เนื้อที่ 38-1-64 ไร่ – บ้านพักข้าราชการ/พนักงาน – โรงรถ,โรงผลิตปุ๋ย,โรงเก็บพัสดุ – ถังเก็บน้ำ,สระน้ำ เนื้อที่ 10 ไร่,สวนป่า เนื้อที่ 35 ไร่ และแปลงขยายพันธุ์หญ้าแฝก/ปุ๋ยพืชสด เนื้อที่ 26 ไร่ สถานีฯได้มีอายุ 29 ย่าง 30 ปี ได้เข้ามาเมื่อ ปีพ.ศ.2531